担保赔偿准备的科目设置主要涉及以下几个方面：营业费用根据《财政部 国家税务总局关于中小企业信用担保机构有关准备金税前扣除问题的通知》（财税62号）以及《担保企业会计核算办法》（财会17号），担保赔偿准备金的计提是通过“营业费用”科目进行的。提取时，借记“营业费用”科目，贷记“担保赔偿准备”科目。其他